Ingénieur-e référent-e du plateau de microbiologie

Mission Au sein du plateau de microbiologie, localisé dans l'équipe MII, l'ingénieur.e d'études aura pour principale mission générale de renforcer et développer les projets "transdisciplinaires" intégrant une approche relative au microbiote intestinal et d'autres disciplines. A cet effet, les missions plus spécifiques de l'ingénieur.e d'études seront de : (i) cultiver des microbiotes (intestinaux ou pulmonaires, murins ou humains, issus de prélèvements de sujets sains ou de patients atteints de pathologies humaines) en aérobie, stations anaérobie, fermenteurs ou système d'intestin artificiel (SHIME ® ). (ii) isoler des souches microbiennes à partir de ces microbiotes et participer à la gestion de la biocollection (iii) participer à l'analyse de la composition et de la fonction de ces microbiotes (extraction d'ADN et métabolomique) et aux tests microbiologiques de surveillance des souris axéniques. (iv) assurer la maintenance des équipements, en particulier de l'intestin artificiel. (v) favoriser les collaborations entre l'équipe MII et les autres équipes du centre, mais également les équipes hors centre (collaborations académiques et industrielles nationales et internationales), pour l'étude de la composition et des fonctions des microbiotes grâce aux équipements disponibles sur le plateau de microbiologie.

Activités * concevoir, conduire et optimiser des expériences de microbiologie : préparation de milieux, principales ensemencement, isolement de micro-organismes (bactéries, phages, champignons), congélation de micro-organismes, culture de micro-organismes en conditions aérobie ou anaérobie, en tubes, en microplaques, en fermenteurs ou en SHIME® ;

• participer à la logistique concernant l'acheminement et le stockage des échantillons ;
• réaliser l'ensemble du processus d'analyse de composition des microbiotes : extraction d'ADN (fécal, pulmonaire, luminal, mucosal...), validation de la qualité de l'ADN extrait, analyse de la composition par PCR quantitative (PCR elle-même et analyse des résultats), préparation des échantillons d'ADN pour envoi au séquençage ;

Institut national de la santé et de la recherche médicale 2, * préparation, stockage et envoi des échantillons pour l'analyse de la fonction des microbiotes par métabolomique ciblée (dosage de métabolites)

• test des fonctions du microbiote sur cellules en culture in vitro (stimulation de lignées cellulaires, ou cellules primaires isolées de sang ou de biopsies de sujets sains ou de patients puis dosage de cytokines)

• réalisation des tests microbiologiques de surveillance des souris axéniques (tests sur gélose et PCR) (avec la possibilité pour l'ingénieur.e de s'impliquer pleinement au cours du temps dans les projets d'axénie au-delà des controles microbiologiques)

• choisir et adapter les technologies d'analyse et d'expérimentation en fonction des objectifs de recherche ;

• rédiger des procédures d'utilisation des équipements ;

• formaliser et actualiser l'ensemble des protocoles techniques utilisés ;

• assurer l'entretien et la maintenance des équipements ;

• former les nouveaux entrants

• conseiller, avec l'aide de la responsable scientifique du plateau des porteurs de projets d'autres équipes sur les possibilités techniques, leurs limites, les méthodes d'analyse, leur interprétation, et en assurer le suivi ;

• assurer la gestion des stocks en lien avec l'activité ;

• assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité ;

• assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécurité ;

• rassembler et mettre en forme les résultats des expériences en utilisant les outils de bureautique classiques (Excel, GraphPad, Powerpoint) et les presenter;

• communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs des différentes équipes.

Spécificité(s) et * L'ingénieur.e d'Etudes sera localisée au sein de l'équipe MII sur le bâtiment facultaire (27, environnement rue Chaligny, 75012 Paris) et bénéficiera de l'environnement humain et technologique de du poste l'équipe et du CRSA. Il.elle travaillera sur des échantillons humains et particulièrement sur des échantillons de microbiote fécal qu'il/elle devra manipuler de manière quotidienne.

Connaissances * Microbiologie appliquée et de l'environnement

• Biologie moléculaire
• Physiologie (notamment intestinale)

Savoir-faire Savoir-faire techniques :

• mettre en oeuvre des techniques de microbiologie et plus particulièrement de culture microbienne.

• mettre en oeuvre des techniques de biologie moléculaire de base (extraction ADN, PCR...)

• organiser et gérer des échantillons ou des collections de souches microbiennes

Autres savoir-faire :

• organiser et gérer différents projets en parallèle

• analyser et présenter ses résultats

• communiquer et gérer des relations avec les interlocuteurs internes, les interlocuteurs externes et les différents corps de métiers (techniciens, ingénieurs, chercheurs, médecins et enseignant-chercheurs)

• être disponible et organisé pour assurer la maintenance des équipements

• comprendre et s'exprimer en anglais scientifique

Aptitudes * Savoir travailler en équipe, se mettre au service d'autres équipes et interagir avec plusieurs corps de métiers

• Communiquer, être rigoureux et impliqué
• Partager ses idées avec ses interlocuteurs

Expérience(s) * Une expérience de culture microbienne en station anaérobie est souhaitée souhaité(s) * Des connaissances sur la culture microbienne en fermenteurs ou bioréacteurs serait un plus

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Mobilité (Début : mai 2026) Paris (75012) Pas de télétravail Bac +5, Fonctionnaires * Vous devez créer un compte sur l'application Gaia de l'Inserm accessible à l'adresse non Inserm https://www.gaia2.inserm.fr/login

• Précisez vos corps, grade et indice majoré.

L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique. Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle. L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs. Emploi Poste Agents fonctionnaires de l'Inserm par voie Catégorie A ouvert aux candidats de mobilité interne Corps IE Agents fonctionnaires non Inserm par voie de détachement Emploi-Type Ingénieur-e en expérimentation et CDD agents contractuels instrumentation biologiques - A2A42, Unité/ U 938 - Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA) Institut A propos de la Structure Le CRSA, localisé au cœur de l'hôpital Saint-Antoine, est composé de 12 équipes de recherche, d'une équipe administrative, de 3 plateformes (Cytométrie et Imagerie, Spectrométrie de masse et Plateforme d'Hébergement et Expérimentation animale)) et de 2 plateaux (Immuno-essais et Microbiologie). Il regroupe environ 420 membres (chercheurs, enseignant-chercheurs, cliniciens, techniciens, ingénieurs, doctorants, post-doctorants et stagiaires). Les équipes de recherche travaillent sur des thématiques variées (cancérologie, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), maladies articulaires, mucoviscidose, maladies neurodégénératives, maladies métaboliques...), mais ont toutes pour objectif commun de mieux comprendre les pathologies afin de pouvoir proposer de nouvelles stratégies de diagnostic et de traitements. L'objectif de l'équipe « Microbiote, Intestin et Inflammation » (MII), dirigée Institut national de la santé et de la recherche médicale Ingénieur-e en expérimentation et instrumentation biologiques par Harry Sokol et Philippe Seksik et à laquelle le plateau de Microbiologie est rattaché, est de décortiquer les mécanismes sous-jacents aux interactions microbiote intestinalhôte en physiologie et dans diverses pathologies, notamment les MICI, afin de développer des biomarqueurs et des traitements innovants. Les projets de recherche développés dans cette équipe s'appuient sur des expertises complémentaires : (i) connaissance médicale des MICI, (ii) écologie du microbiome intestinal (analyse du microbiome par séquençage, interactions, résilience, métabolomique ciblée), (iii) physiologie des cellules épithéliales intestinales (fonction de barrière et voies de signalisation) et (iv) interaction microorganismes - immunité de l'hôte. Ces compétences transversales à la frontière de la biologie cellulaire, de l'immunologie, de la microbiologie et de la médecine permettent de mener de vastes études allant du lit du patient (avec un accès unique à des échantillons de patients) au laboratoire et du laboratoire au lit du patient, pour déboucher in fine sur la découverte de nouvelles cibles thérapeutiques et améliorer la prise en charge des patients. Cette équipe dynamique (en terme de projets et de publications) est reconnue internationalement et a été la première équipe française de recherche académique à acquérir le système d'intestin artificiel SHIME® . Le plateau de Microbiologie est sous la responsabilité scientifique de Nathalie Rolhion. L'ensemble des équipements de microbiologie sont déjà mis en place sur le plateau et l'axénie sera mise en place sous l'impulsion de l'équipe MII courant 2026 au sein de la Plateforme d'Hébergement et Expérimentation animale., Fonctionnaires * Vous devez constituer un dossier en ligne via l'application Gaia de l'Inserm accessible à Inserm l'adresse https://www.gaia2.inserm.fr/login, Institut national de la santé et de la recherche médicale 4